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熒光標記可用于任何需要在復雜背景中區分特定顆粒子集的情形。 可以對熒光納米粒的粒度和濃度加以測量，以了解這些顆粒在可能會導致顆粒團聚的復雜介質（如血清）中的性質。 這可以應用于了解給藥載體的“歸宿”以及納米粒的毒理學（例如生物環境中）。 此外，熒光標記抗體可用于特異性結合至樣品中的靶向顆粒，從而提供一種識別未知樣品中特定顆粒的機制。 這暗示可以用于診斷應用，如用于對外泌體和微泡的研究，在疾病監測中顆粒物檢測儀，可以對指定標志物進行識別和監測。

NanoSight 納米顆粒跟蹤分析系列儀器能夠以光散射模式運行，該模式下乙炔檢測儀，儀器中的所有顆粒物均可實現可視化和測量（因此無需對樣品進行熒光標記以便測量）。或者，儀器也能以熒光模式運行酒精檢測儀，該模式下，儀器僅能測量熒光納米粒。

NanoSight 系統可以使用 405 nm（紫色）、488 nm（藍色）、642 nm（紅色）或 532 nm（綠色）激光源來激發合適的熒光團，隨后使用匹配的長波通濾光片和短波通濾光片對其熒光進行測量。

在以下示例中顆粒物檢測儀，將熒光標記 (Fluoresbrite) 的 100 nm 聚苯乙烯珠和未標記的 100 nm 聚苯乙烯珠按照約 50:50 的比例混合顆粒物檢測儀，在光散射模式下（紅線和頂部圖像）以及濾除熒光后進行分析（白線和底部圖像）。

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